Les poissons sont souvent utilisés comme indicateurs de qualité de l’eau mais aussi pour évaluer l’efficacité des travaux sur les cours d’eau. C’est pourquoi de nombreuses missions d’études, de suivi des milieux aquatiques et des populations piscicoles menées par la Fédération servent aussi bien à connaître les densités piscicoles, les espèces en place, la situation des espèces en danger, mais également la vulnérabilité des sites, la pertinence des actions engagées ou les mauvais choix techniques.